Năm 2045, Kusanagi Motoko và Đội 9 trở lại để chiến đấu với một mối đe dọa mới nguy hiểm. Đây là bản cắt từ mùa đầu tiên của "SAC_2045", có độ dài ngang phim điện ảnh.

Sau cuộc khủng hoảng tài chính toàn cầu, thế giới chìm trong "chiến tranh trường kỳ" do AI chi phối. Đội 9 chính là cứu tinh để chống lại các hình thức đe dọa mạng mới.

Đó là tương lai, khi một cơ thể hoàn chỉnh được tạo ra bằng công nghệ Cybord hóa - da thịt cấy ghép với máy móc, giúp tăng cường sức mạnh một cách hoàn hảo. Trớ trêu thay, phe thiện - ác đều sở hữu những công nghệ tân tiến đó, khiến cuộc chiến giữa 2 phần